Una de las más recientes innovaciones que ha tenido la Federación es la producción de cafés especiales para conquistar nuevos nichos en los mercados internacionales y la potenciación de la marca Juan Valdez, con la venta de los mismos a través de la cadena de tiendas Juan Valdez. Este proceso se inició entre 2001 y 2002, momento en el que una nueva crisis obligó a repensar el sector, confirma Silva.
El desarrollo de cafés especiales se basa en el concepto de granos producidos y procesados bajo un sistema ambiental y económicamente sostenible, sin utilización de químicos y con base en estándares internacionales.