Según una auditoría de la Contraloría General, solo el 4% de las entidades territoriales logró un concepto favorable en el manejo de las transferencias para el año pasado. El 65% obtuvo observaciones por cumplir parcialmente la normatividad y el 31% restante se rajó, al registrar problemas serios y recurrentes en el manejo de estos recursos. Para la Contraloría, estos entes territoriales tienen deficiencias en sus capacidades institucionales que conducen a ineficiencias en la ejecución. Esto se da, en parte, porque la regulación sectorial, el flujo de los recursos y las orientaciones de la Nación son inadecuadas.