La decisión se tomó por los planes de construir un proyecto masivo de desarrollo, según un comunicado del comité de la Unesco.
La organización comentó que el proyecto, en el que habrá rascacielos, puede "dañar irreversiblemente" los muelles históricos.
El concejo municipal de Liverpool, que aprobó el plan de desarrollo en marzo, describió la decisión de la Unesco de "prematura".
BBC